فرايندي كه منجر به كشف پروتون شد يك فرايند تدريجي بود و به همين دليل گفتن اينكه دقيقا چه كسي كاشف پروتون هست سخته. با اين وجود اگر شما بخواهيد اسمي در مقابل كاشف پروتون بزاريد اين اسم تقريبا ميتونه رادرفورد باشه.
پس از كشف الكترون دانشمندان فهميده بودند كه بايد در داخل مركز اتم بار مثبتي باشه تا با بار منفي الكترونها به توازن در بياد و اتم هاي خنثي (از نظر الكتريكي) رو بوجود بياره. كشف هسته توسط رادرفورد نشان داد كه اين بار مثبت در كسر خيلي كوچكي از حجم اتم متمركز شده است. در سال 1919 رادرفورد كشف كرد كه ميتونه با برخورد دادن ذرات آلفا (كه امروزه ميدونيم هليم دو بار يونيده هست) با يك عنصر اون عنصر رو به عنصر ديگري تبديل كند.در اوايل سال 1920 رادرفورد و ديگر دانشمندان يك سري آزمايشات تغيير حالت يك اتم به اتم ديگر ترتيب دادند.در هر موردي از آزمايشات ، هسته ي هيدروژن ساتع ميشد. پيدا بود كه هسته هيدروژن نقش اساسي اي در ساختار هسته اتم بازي ميكنه. و با مقايسه نسبت جرم به بار هسته ها ، فهميدند كه بار مثبت هسته ي هر عنصري ميتونه بر اساس تعداد صحيحي از هسته هاي هيدروژن بيان بشه. در اواخر سال 1920 دانشمندا ن مرتبا به هسته هاي هيدروژن به عنوان پروتون اشاره ميكردند. خود اصطلاح پروتون به نظر مياد توسط رادر فورد درست شده باشه و براي اولين بار در چاپ سال 1920 ظاهر شد.